樹木医になるには、(一財)日本緑化センターが実施する資格審査に合格し、登録することが必要である。応募できるのは、樹木の調査・研究、診断・治療、保護・育成・管理、設計、監理などに関する経験が通算5年以上(令和5年より)の者。筆記試験などの第1次審査で、研修を受講する90~100名を選抜する。第2次審査では科目筆記試験や樹種識別の適性試験、面接などの結果が総合的に判断され、合格条件を満たすと樹木医として認定・登録される。
また、樹木医補資格養成機関として登録を受けた大学などで所定の課程を修了したのち申請して審査に通ると、「樹木医補」に認定される。樹木医補は、樹木医資格認定試験への応募に必要な業務経験が1年間に短縮される。
なお2019年度認定者より、5年ごとの登録更新が義務化された。